يُنشأ صندوق مواجهة الطوارئ الطبية وفقا للقانون، وتكون له الشخصية الاعتبارية العامة ويتمتع بالاستقلال المالى والإدارى، وتتكون موارده من المساهمات المالية للعلاج على نفقة الدولة فى التدخلات الطبية التى يغطيها الصندوق ، (اثنان بالمائة) من سعر بيع مستحضرات التجميل المستوردة ، (ثلاثة بالمائة) من سعر بيع المبيدات الحشرية المعدة للاستخدام فى غير الأغراض الزراعية ، (واحد بالمائة) من حصيلة الحسابات الخاصة بالقطاعات المختلفة بديوان عام وزارة الصحة والسكان ، ويستثنى من ذلك صندوق تحسين الخدمة ودعم البحوث المشتركة بوزارة الصحة والسكان .
ووفقا لقانون إنشاء صندوق مواجهة الطوارئ الطبية، تتكون الموارد من المبالغ المالية التى يقدمها البنك المركزى المصرى والبنوك واتحاد البنوك المصرية للصندوق، الهبات والتبرعات والمنح التى تقدم للصندوق من الأفراد أو الهيئات ، ويقبلها مجلس الإدارة، عوائد استثمار أموال الصندوق ، المبالغ المالية المخصصة لصالح صندوق تحسين أداء العمل فى الإدارات المشرفة على تنفيذ القانون بوزارة الصحة وإدارات العلاج الحر بالمحافظات ، وفقًا لأحكام القانون رقم 51 لسنة 1981 بتنظيم المنشآت الطبية ، الموارد الأخرى التى يقررها مجلس إدارة الصندوق فى نطاق أغراض الصندوق، ويصدر بها قرار من رئيس مجلس الأمناء .
وأجاز القانون، بقرار من مجلس إدارة الصندوق استثمار حصيلة أمواله بعد موافقة مجلس الأمناء.