ذكر قانون المشروعات المتوسطة والصغيرة أن جهاز المشروعات له موازنة خاصة مستقلة تعد على نمط الموازنات التجارية طبقا لقواعد ومعايير المحاسبة المصرية، وتبدأ السنة المالية للجهاز مع بداية السنة الميلادية وتنتهى بانتهائها، ويكون للجهاز حساب خاص لدى البنك المركزى المصرى، ويجوز له فتح حسابات خاصة بأحد البنوك المسجلة لدى البنك المركزى المصرى يودع فيه موارده ، ويرحل فائض الميزانية من سنة مالية إلى أخرى .
ووفقا للقانون لا يتقيد الجهاز في المسائل المالية والإدارية بالنظم والقواعد الحكومية الواردة بالقانون رقم ١١٨ لسنة ١٩٦٤ في شأن إنشاء الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة، كما لا يتقيد بالقوانين والقرارات المنظمة للأجور والمرتبات المعمول بها في الجهاز الإدارى للدولة ووحدات الإدارة المحلية والأجهزة التى لها موازنات خاصة ، وللجهاز في سبيل إنجاز مهامه الاستعانة بأفضل الكفاءات والخبرات المحلية والدولية وفقا للقواعد التى تقررها الاتفاقيات مع الجهات المانحة .