منح القانون العديد من الصلاحيات للنيابة الإدارية كونها إحدى الهيئات القضائية، حيث منحها وخول لها المشرع العديد من السلطات خلال مباشرتها التحقيق في كافة قضايا الفساد المالي والإداري من قبل الموظفين في الدولة، وذلك على غرار نفس الحقوق والصلاحيات التي منحت للنيابة العامة في مباشرتها تحقيقاتها في جميع القضايا التي تنظرها، وعلى هذا فهناك عدة أدوار ومهام واختصاصات حددها القانون للنيابة الإدارية خلال نظر سير التحقيقات التي تباشرها في المخالفات الإدارية والمالية.
وتمثل أبرز اختصاصات النيابة الإدارية فى:
1- التحقيق في المخالفات التأديبية التى تتضمنها البلاغات الواردة إليها من الجهات الخاضعة لولايتها، أو من أى جهة رسمية أو رقابية، أو شكاوى العاملين بالجهات أو شكاوى غيرهم.
2 - إصدار القرارات التأديبية بتوقيع الجزاءات التأديبية على الموظفين فى القضايا التى باشرت التحقيق فيها إعمالا للمادة 197 من الدستور .
3 - تحريك ومباشرة الدعاوى التأديبية أمام المحاكم التأديبية باعتبارها جزء من تشكيل المحكمة إذ تبطل جلسات المحكمة إذا لم يحضر فيها عضو النيابة الإدارية.
4 - فحص الأحكام الصادرة من المحاكم التأديبية بمجلس الدولة للتحقق من صحتها ولرئيس هيئة النيابة الادارية الطعن على أحكام المحاكم التأديبية اذا رأى وجها لذلك ومباشرة الطعون امام المحكمة الادارية العليا .
5 - تحريك الدعوى الجنائية عن الجرائم الجنائية التي تكشف عنها تحقيقات النيابة الادارية بإحالتها إلى النيابة العامة.
6 - تحريك دعوى الكسب غير المشروع بإحالة جرائم الكسب التي تتكشف لها إلى إدارة الكسب غير المشروع بوزارة العدل.
7 - تتولى النيابة الادارية إعداد الدراسات والبحوث التي يكلفها بها رئيس الجمهورية عن المرافق العامة المختلفة .
8 - مكافحة الفساد باعتبارها هيئة قضائية وفى تقديمها ضمانات جوهرية للموظف العام تضمن حيدة التحقيق ونزاهته.