تختص النيابة الإدارية بفحص الشكاوى والتحقيق فى المخالفات التأديبية، التى تتضمنها البلاغات الواردة إليها من الجهات الخاضعة لولايتها، أو من أى جهة رسمية أو رقابية، أو شكاوى العاملين بالجهات الداخلة فى اختصاصها، أو غيرهم من أى شخص، وذلك مراعاة لعدم الإخلال بحق الجهة التى وقعت فيها المخالفة التأديبية فى فحص الشكاوى والتحقيق.
كما تتولى الطعن فى أحكام هذه المحاكم ومباشرة كافة الطعون أمام المحكمة الإدارية العليا، وهى النائبة عن المجتمع فى تعقب المخالفات التأديبية التى تقع من الفئات الخاضعة لولايتها مستهدفة حماية المال العام، وضمان حسن سير المرافق العامة وتحقيق العدالة التأديبية واكتشاف أوجه الخلل والقصور فى النظم والإجراءات الإدارية والمالية.
وعلى هذا فهناك حزمة من الإجراءات القانونية التى خولها القانون للنيابة لإدارية خلال سير التحقيقات مع الموظفين المتجاوزين داخل الجهاز الإدارى بالدولة، ومن هذه الصلاحيات التى اسندها القانون لها خاصة فى قضايا والتحقيقات التى تقوم بها النيابة تجاه الموظف المتهم هى وقفه عن العمل احتياطيا لحين الانتهاء من التحقيقات معه، مع مراعاة ألا تزيد مدة الوقف عن العمل وفق قانون الخدمة المدنية 3 أشهر.
وفى حالة ضرورة مد فترة وقف الموظف عن العمل نظرا لاستمرار التحقيقات معه، يجب إحالة ملف القضية إلى المحكمة التأديبية لأخذ قرار منها بمد فترة التحقيق مرة آخرى، بالإضافة إلى صرف نصف مرتب هذا الموظف لحين انتهاء التحقيق معه، ويكون قرار صرف نصف المرتب ابتداء من تاريخ الوقف عن العمل، مع مراعاة أيضا أخذ هذه القرار من المحكمة التأديبية بمجلس الدولة.
وللنيابة الإدارية سلطة إصدار عدد من القرارات اثناء مباشرة التحقيق:
• للنيابة الإدارية أن تصدر قرار بوقف المتهمين عن العمل احتياطيا إلى حين انتهاء التحقيق.
• للنيابة الإدارية أن تقوم بتفتيش اشخاص ومنازل الموظفين المتهمين واماكن العمل الحكومية.
• للنيابة الإدارية الاطلاع على المستندات والتحفظ عليها.
• للنيابة الإدارية سلطة إصدار امر بضبط الشاهد وإحضاره للتحقيق أمامها.