عاقب قانون تنظيم إدارة المخلفات كل من يمارس نشاط إدارة المخلفات بطريقة غير سليمة من الناحية الصحية والبيئية، حيث نصت المادة 18 من قانون تنظيم إدارة المخلفات على أن يلتزم المرخص له بممارسة نشاط أو أكثر من أنشطة الإدارة المتكاملة للمخلفات أن يمارس هذا النشاط بطريقة سليمة صحياً وبيئيا في المواقع والمنشآت المخصصة لذلك وفقا الأحكام هذا القانون، على أن تحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون معايير ممارسة تلك الأنشطة بطريقة سليمة صحياً وبيئياً.
كما نصت المادة 19 من ذات القانون على أن يلتزم المرخص له عند ممارسة نشاط أو أكثر من أنشطة الإدارة المتكاملة للمخلفات بتوفير تدريب وتأهيل لجميع العاملين الذين يرتبط عملهم بممارسة أي من تلك الأنشطة كما يلتزم بتوفير سبل الحماية اللازمة لهم تنفيذاً لقواعد السلامة والصحة المهنية المنصوص عليها في القانون المنظم لشئون العمل.
وجاءت المادة 20 لتنص على أنه يحظر الحرق المكشوف للمخلفات.
والمادة 21 نصت على أنه يحظر على المرخص له بممارسة أي نشاط من أنشطة الإدارة المتكاملة للمخلفات خلط أي صنف من المخلفات مع بعضه البعض إلا بعد موافقة الجهاز وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون الاشتراطات والمعايير والأدلة الإرشادية لجمع ونقل وإعادة استخدام ومعالجة تلك المخلفات والتخلص النهائي منها.
وعن العقوبة المقررة للمخالف نصت المادة 66 على أنه يعاقب بغرامة لا تقل عن عشرين ألف جنيه ولا تزيد على مائتي ألف جنيه كل من يخالف أحكام المادتين 18 و 19 من هذا القانون ويجوز للمحكمة الحكم بوقف الترخيص لمدة لا تقل عن شهر ولا تزيد على ستة أشهر، ولها أن تقضى بإلغاء الترخيص وفي حالة العود يضاعف الحدان الأدنى والأقصى للغرامة.