حدد القانون رقم 12 لسنة 2022 بإصدار قانون إنشاء وتنظيم المجلس الصحى المصرى 5 موارد لتكون بمثابة موارد المجلس الصحي المصري، ونصت المادة "13" على :"تتكون موارد المجلس مما يأتى :
1- ما قد تخصصه الدولة من الموازنة العامة
2-عائد استثمار أموال المجلس
3- التبرعات، والهبات، والمنح، والإعانات في الأغراض التي تدخل في اختصاص المجلس، والتي يقبلها مجلس الإدارة، بعد موافقة الجهات المختصة
4-القروض التي تُعقد لصالح المجلس، بما لا يتعارض مع أغراضه وفقاً للقواعد والإجراءات المنظمة لذلك
5- حصيلة الرسم المقرر في المادة"12"من هذا القانون
فيما تضمنت المادة 14 أن تبدأ موازنة المجلس الصحي المصري مع السنة المالية للدولة، إذ نصت على :"يكون للمجلس موازنة خاصة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الخدمية، وتبدأ السنة المالية لها مع بداية السنة المالية للدولة، وتنتهي بانتهائها، وتودع أموال المجلس في حساب خاص بالبنك المركزي ضمن حساب الخزانة الموحد، ويرحل الفائض من الموارد الذاتية من عام إلى آخرى".
بينما نصت المادة (15)على أن أموال المجلس أموال عامة تخضع لرقابة الجهاز المركزى للمحاسبات ووزارة المالية وجميع الجهات الرقابية بالدولة
ويكون له في سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإداري، طبقاً لأحكام القانون رقم (308) لسنة 1955 في شأن الحجز الإداري.
وبحسب المادة الثانية لذات القانون ":"يحل المجلس الصحي المصري المنشأ وفقا لأحكام القانون المرافق محل اللجنة العليا للتخصصات الطبية المنشأة بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم (3) لسنة 1998 وكذا الهيئة المصرية للتدريب الإلزامي للأطباء المنشأة بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم (210) لسنة 2016، و يتحمل بجميع التزاماتها وتؤول إليه جميع حقوق الهيئة والعقارات المملوكة لها أموالهما وحساباتهما المصرفية وينقل العاملون بالهيئة المصرية للتدريب الإلزامي للأطباء إلى المجلس الصحي المصري بذات مستوياتهم الوظيفية، وأجورهم، وبدلاتهم، وإجازاتهم، ومزاياهم النقدية والعينية، بما لا يؤثر على ما يستحقونه مستقبلاً من علاوات أو مزايا، وتستمر معاملة هؤلاء العاملين بجميع الأنظمة والقواعد التي تنظم شئونهم الوظيفية لحين صدور لوائح أنظمة العاملين بالمجلس، وفقاً لأحكام القانون المرافق
فيما تنص المادة الثالثة علي :"يلغى قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 3 لسنة 1998 بشأن تشكيل لجنة عليا للتخصصات الطبية وقرار رئيس مجلس الوزراء رقم (210) لسنة 2016 بإنشاء الهيئة المصرية للتدريب الإلزامي للأطباء كما يلغى كل حكم يخالف أحكام هذا القانون، والقانون المرافق له".