نص قانون نظام التأمين الصحي الشامل، على أن "ينشأ بهيئة الاعتماد والرقابة لجنة مركزية تختص وحدها دون غيرها بتسوية المنازعات التي تنشأ بسبب تطبيق أحكام هذا الفصل وتدخل ضمن اختصاصاتها، برئاسة أحد نواب مجلس الدولة وعضوية مستشارين من مجلس الدولة يختارهم رئيس مجلس الدولة، وممثلين عن طرفي النزاع، ولا يجوز اللجوء إلى القضاء قبل العرض على هذه اللجنة، على أن يتم البت فيه خلال مدة لا تجاوز ثلاثة أشهر، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون ضوابط وإجراءات عمل هذه اللجنة.
ولهيئة الاعتماد والرقابة الحق في تقاضى مقابل عن إصدار شهادات الاعتماد والتسجيل والخدمات التي تقدمها للغير وفقًا لأحكام هذا القانون، ويحدد مجلس الإدارة قيمة هذا المقابل مراعيًا في ذلك نوع الخدمة المؤداة.
وتتم عمليات التقييم والاعتماد بموضوعية وشفافية، ويحظر على كل من شارك في أعمال التقييم أو الاعتماد تقديم استشارات أو دورات تدريبية للمنشأة محل التقييم أو أن يكون عضوًا في مجلس إدارتها أو الإفصاح عن البيانات والمعلومات المتعلقة بأعمال التقييم أو النتيجة النهائية للتقييم قبل صدور قرار هيئة الاعتماد والرقابة، ومع مراعاة حكم المادة 33 لا يجوز تعديل نتائج التقييم والاعتماد التي ينتهي إليها قرار هيئة الاعتماد والرقابة.
ومع مراعاة أحكام القانون رقم 51 لسنة 1981 بتنظيم المنشآت الطبية، تلتزم المنشآت ومقدمو الخدمات الصحية العامة والخاصة بالحصول على شهادة الاعتماد بأي من مستوياته المختلفة التي تحددها هيئة الاعتماد والرقابة، وذلك خلال ثلاث سنوات من تاريخ دخول المحافظة الواقعة بها المنشأة في نطاق تطبيق أحكام هذا القانون، وإذا لم تلتزم المنشأة بذلك تقوم هيئة الاعتماد والرقابة بإخطار الجهات المعنية لاتخاذ الإجراءات اللازمة طبقًا للقوانين واللوائح المنظمة للعمل بها.