ذكر قانون النقل النهرى أن الهيئة العامة للنقل النهرى تحل محل إدارات الملاحة الداخلية المختصة بالمحافظات فى إصدار التراخيص الملاحية للوحدات النهرية غير الآلية، والعائمات الثابتة، والذهبيات، وأطقم العاملين عليها، وخطوط التزام المعديات، بالتنسيق مع وزارات: الدفاع والإنتاج الحربى، والداخلية، والزراعةواستصلاح الاراضى، والمالية، والتنمية المحلية، والموارد المائية والرى، والتخطيط والتنمية الاقتصادية، والتضامن الاجتماعي، والتعاون الدولى، والاستثمار، والسياحة والآثار، والجهاز المركزى للتنظيم والإدارة، وهيئة الإسعاف المصرية.
ووفقا للمادة الرابعة من القانون تحل الهيئة العامة للنقل النهرى محل إدارات الملاحة الداخلية المختصة بالمحافظات فى إصدار التراخيص الملاحية للوحدات النهرية غير الآلية، والعائمات الثابتة، والذهبيات، وأطقم العاملين عليها، وخطوط التزام المعديات، بالتنسيق مع وزارات: الدفاع والإنتاج الحربى، والداخلية، والزراعة واستصلاح الاراضى، والمالية، والتنمية المحلية، والموارد المائية والرى، والتخطيط والتنمية الاقتصادية، والتضامن الاجتماعي، والتعاون الدولى، والاستثمار، والسياحة والآثار، والجهاز المركزى للتنظيم والإدارة، وهيئة الإسعاف المصرية.
وينقل العاملون - بإدارات الملاحة الداخلية والمراسى المختصة بالمحافظات- الموجودون فى الخدمة إلى الهيئة العامة للنقل النهرى بذات أوضاعهم الوظيفة وأجورهم وبدلاتهم وإجازتهم ومزاياهم النقدية والعينية، ويحتفظ العامل المنقول بصفة شخصية بما يحصل عليه من أجور وبدلات وإجازات ومزايا نقدية وعينية دون أن يؤثر ذلك على ما يستحقه مستقبلاً من أى علاوات أو مزايا، بالتنسيق مع الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة ووزارة المالية.