منح قانون إعادة تنظيم الهيئة العامة للنقل النهري، مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا المهيمنة على شئونها وتصريف أمورها واقتراح السياسة العامة التي تسير عليها، وله أن يتخذ ما يراه من القرارات لتحقيق الغرض الذي قامت من أجله، وله في سبيل ذلك ممارسة الاختصاصات الآتية:
١ - إصدار القرارات اللازمة لإنشاء مناطق وفروع ومكاتب للهيئة داخل جمهورية مصر العربية لممارسة مهامها.
٢ - وضع واعتماد الهيكل التنظيمي للهيئة، ولائحة الموارد البشرية، واللوائح المالية والإدارية والفنية بعد موافقة وزارة المالية والجهاز المركزي للتنظيم والإدارة، ودون التقيد بالقواعد والنظم المعمول بها في الهيئات العامة والجهات الحكومية، وذلك بما لا يخل بالحد الأقصى للأجور والمقرر قانونًا.
٣ - وضع نظام للرقابة ولمعدلات الأداء طبقًا للمعايير الاقتصادية.
٤ - اعتماد مشروع الموازنة السنوية للهيئة وحسابها الختامي.
٥ - النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن حسن سير العمل بالهيئة، ومركزها المالي.
٦ - النظر في كل ما يري الوزير المختص أو رئيس مجلس الإدارة عرضه من مسائل تدخل في اختصاصات الهيئة.
ويجوز لمجلس الإدارة أن يعهد إلى رئيسه أو إلى لجنة من بين أعضائه أو أحد مديري الهيئة ببعض اختصاصاته، كما يجوز له أن يفوض أحد المديرين في اختصاص محدد أو مهمة محددة.