يعتبر المركز القومى لبحوث المياه مؤسسة فريدة لإجراء وتطوير كلاً من البحوث النظرية والتطبيقية فى مجال إدارة المياه فى مصر، وهو يتبع وزارة الموارد المائية والرى.

أنشئ مركز البحوث المائية بالقرار الجمهورى رقم 830 لسنة1975 ثم تم إعادة تنظيم المركز ومعاهده فصدر القرار الجمهورى رقم 316 لسنة 1994 فى شأن إعادة تنظيم مركز البحوث المائية إلى المركز القومى لبحوث المياه ودعمه بعدد من الوحدات البحثية ذات الطابع الخاص وإضافة معهداً بحثياً جديداً.

وفى التقرير التالى نوضح المعاهد البحثية التابعة للمركز.

1- معهد بحوث إدارة المياه ينفذ التجارب البحثية الخاصة بإدارة المياه على المستوى الحقلى.

2-معهد بحوث الصرف ينفذ الدراسات البحثية الخاصة بالمصارف الزراعية وإعادة استخدامها.

3- معهد بحوث الموارد المائية يقوم بالدراسات الخاصة باستقطاب مياه السيول والحد من آثارها الجانبية.

4-معهد بحوث النيل يقوم بالدراسات الخاصة بسريان النهر ومعهد بحوث الهيدروليكا ويعتبر أقدم المعاهد البحثية بالمركز والذى يقوم بالدراسات البحثية الخاصة بهيدروليكية مياه المجارى المائية والذى يضم أيضاً مركز تدريب إقليمى ينظم دورات تدريبية على مستوى الأفريقى.

5-معهد بحوث صيانة القنوات المائية يقوم بمشروعات صيانة القنوات المائية ويقوم ببعضها على المستوى الأفريقى مثل المشروع الذى يقوم المعهد بتنفيذه فى دولة أوغندا على بحيرتى كيوجا وألبرت.

6- معهد بحوث المياه الجوفية يقع على عاتق المعهد القيام بالدراسات والأبحاث القصيرة الأمد والطويلة الموقعية منها والاقليمية إلى جانب البرامج الاستراتيجية بهدف تحديث مخططات تنمية وإدارة المياه الجوفية وحمايتها من التدهور وضمان تواصل التنمية.

7-معهد بحوث الإنشاءات

8-معهد بحوث الميكانيكا والكهرباء

9-معهد بحوث المساحة.

10- معهد بحوث الشواطئ يقوم بالدراسات البحثية الخاصة بالشواطئ المصرية.

 11-معهد بحوث التغيرات المناخية يقوم بدراسة تأثيرات التغيرات المناخية على الموارد المائية وأهم ما توصلت إليه هذه الدراسات من آثار على دلتا نهر النيل فى حال ارتفاع منسوب سطح البحر وكيفية طرق الحماية الطبيعية للحد من آثار الارتفاع المحتمل فى منسوب سطح البحر.

12- معهد بحوث إدارة المياه وطرق الرى.