استندت الاستراتيجية الوطنية لحقوق الانسان، على عدد من المبادئ الأساسية المنصوص عليها في الدستور والمستقرة في قضاء المحاكم العليا والمتضمنة في الاتفاقيات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان، وجاءت المبادئ الأساسية كالآتى:
-حقوق الإنسان متأصلة فى الكرامة الإنسانية، وهى عالمية مترابطة ومتشابكة، وغير قابلة للتجزئة إذ يعزز كل منها الآخر.
- الاستفادة من إطار مراجعة الجرائم الأشد خطورة التي توقع عنها عقوبة الإعدام، بمراعاة الظروف المجتمعية والدراسات المتخصصة، وبما يتفق مع الاتفاقيات الدولية والإقليمية لحقوق الانسان التي صدقت عليها مصر.
- عدم التمييز وكفالة حقوق الإنسان فى إطار من المساواة وتكافؤ الفرص واحترام مبدأ المواطنة.
- سيادة القانون أساس الحكم في الدولة، واستقلال القضاء وحصانته وحيدته ضمانات أساسية لحماية حقوق الإنسان والحريات الأساسية، وتلتزم الدولة بتحقيق ذلك من خلال تشريعات وسياسات وأنظمة وأحكام قضائية فعالة.
- الديمقراطية وحقوق الإنسان مترابطان ويعزز كل منهما الآخر.
- تعزيز الحكم الرشيد ومكافحة الفساد وإرساء قيم النزاهة والشفافية لضمان التمتع بحقوق الانسان والحريات الأساسية .
- الحق في التنمية حق من حقوق الإنسان، وبموجبه يحق لكل إنسان ولجميع الشعوب المشاركة والإسهام في تحقيق التنمية الشاملة والتمتع بعوائد هذه التنمية .
- ضرورة وفاء كافة الإفراج في المجتمع بواجباتهم ومسئولياتهم تجاه احترام حقوق الآخرين وحرياتهم الأساسية.
- الحريات اللصيقة بالإنسان لا تقبل تعطيلا ولا انتقاصا، ولا يجوز لأى قانون ينظم ممارسة الحقوق والحريات أن يقيدها بما يمس أصلها وجوهرها ولا يجوز أن يوضع من القيود على ممارسة الحقوق والحريات، إلا تلك التي ينص عليها القانون وتشكل تدابير ضرورية لحماية الأمن القومى أو السلامة العامة أوالنظام العام أو الصحة العامة أو الآداب العامة أو لحماية حقوق الآخرين وحرياتهم.