تضمن قانون تنظيم الهيئات الشبابية، عدد من المميزات للهيئات، خاصة أنه اعتبرها من الهيئات الخاصة ذات النفع العام، وتتمتع بالامتيازات والإعفاءات الآتية:
- عدم جواز تملك الغير لعقاراتها بمضي المدة، وللمحافظ المختص إزالة أي تعد عليها بالطريق الإداري على نفقة المخالف.
- اعتبار أموالها أموالاً عامة في تطبيق أحكام قانون العقوبات.
- الإعفاء من الضرائب العقارية ومن رسوم تسجيل العقارات والمنقولات وغيرها من مستندات.
- الإعفاء من رسوم التسجيل التي يقع عليها عبء أدائها في عقود الملكية وغيرها من الحقوق العينية الأخرى ومن رسوم التصديق على التوقيعات ومن رسوم الدمغة المفروضة حاليًا والتي تفرض مستقبلاً على جميع العقود والمحررات والأوراق والمطبوعات والسجلات وغيرها.
- الإعفاء من الضرائب والرسوم الجمركية بالنسبة للأدوات والمهمات المستوردة لحسابها، والتي تلزم لممارسة نشاطها، والتي يصدر بتحديدها قرار من وزير المالية بناءً على طلب من رئيس الجهة الإدارية المركزية كما تُعفي من هذه الضرائب والرسوم والأدوات والمهمات التي تستوردها الجهة الإدارية المركزية المختصة لصالح أنشطة الشباب، ويُحظر التصرف فيما تم إعفاؤه لجهة غير معفاة قبل مضى خمس سنوات من تاريخ الإعفاء ما لم تُدفع عنها الضرائب والرسوم المستحقة وفقًا لحالة هذه الأشياء وقيمتها وقت سداده هذه الضرائب والرسوم طبقًا للتعريفة الجمركية السارية في تاريخ السداد.
- الإعفاء من ضريبة الملاهي على مختلف المباريات التي تخضع لإشراف اتحاد اللعبات الرياضية بشرط ألا يتخللها أو يعقبها أي نوع من أنواع الملاهي.
- الإعفاء من (٧٥%) من مقابل استهلاك الكهرباء والمياه والغاز والمكالمات التليفونية على الأقل، وفى جميع الأحوال تسري عليها التعريفة المقررة للمنازل.
- تخفيض أجور نقل الأدوات والمهمات الخاصة بنشاطها بالوسائل المملوكة للدولة أو القطاع العام بنسبة (٥٠%) من الأجور المقررة.
- تخفيض أجور السفر بالوسائل المحددة بالبند السابق للأفراد الذين يقل عددهم عن ثلاثين فردًا بنسبة (٥٠%) ويكون التخفيض بنسبة (٦٦.٦%) من هذه الأجور لما يزيد على هذا العدد وذلك بشرط اعتماد الهيئة التي ينتمي إليها هؤلاء الأفراد في جميع الأحوال.
- الإعفاء من مقابل الانتفاع المقرر على الهيئات الشبابية لصالح أى من الوزارات أو الهيئات أو وحدات الإدارة المحلية.